Más tarde, volvió a la acción con el plan de recuperar el poder para su padre político, pasó varias veces la frontera, con objeto de organizar sublevaciones de la indiada que quería Belzu. Posteriormente ya en la presidencia de Achá, Córdova, que había ingresado clandestinamente al país, fue detenido en La Paz y asesinado, junto con otros presos políticos, en el Loreto, en la noche del 23 de octubre de 1861, en una masacre que la historia conoce como las “matanzas de Yañez” por haber sido ese coronel, Plácido Yañez, quién ordenó el cruel exterminio.

Recalcamos, derrocado Córdova concluido el gobierno de Achá, regresó al país y se apoderó rápidamente de la ciudad de La Paz, apoyado por el pueblo; pero Melgarejo, que había derrocado al General José María Achá y asumido también la presidencia, ingresó a palacio y mató al General, con un disparo de revolver, como él mismo lo reconocería, públicamente, durante su período presidencial02