Fernández Alonso, débil de carácter e irresoluto, se dejó dirigir por ministros y consejeros y promulgó la ley radicatoria. Los liberales, a quienes no les interesaba ni la capitalía ni el sistema federal, abandonaron el parlamento.

Se inició una guerra civil, plena de alternativas violentas y hasta crueles, pues, los liberales obtuvieron la cooperación del campesinado altiplánico. Hubo episodios inhumanos en Cosmini y Ayo Ayo, donde pereció un grupo de jóvenes chuquisaqueños; hasta que finalmente el combate Segundo Crucero significó la derrota de los chuquisaqueños. Era el 10 de abril de 1899 y ese mismo día el presidente huyó dejando el mando de la nación al primer Vicepresidente, para tomar de inmediato el camino del exilio. Los chuquisaqueños perdieron la capital; los conservadores se desbandaron.

Alonso vivió largo tiempo como exiliado en Chile, y retorno al país durante el gobierno de Eliodoro Villazón, quien le designó Ministro Plenipotenciario en el Perú y en la Argentina. En 1914 fue elegido Ministro de la Corte Suprema